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注册12306（中国铁路客户服务中心）和支付宝是两个不同的服务，它们之间没有直接的注册关联。因此，在注册12306时不能注册支付宝的说法并不准确。
用户可以在不关联的情况下分别注册这两个服务，如果你遇到无法在12306网站上使用支付宝支付或注册的问题，可能是由于以下原因：
1、系统故障或维护：有时候系统可能会出现故障或正在进行维护，导致某些功能暂时无法使用。
2、账户安全问题：出于安全考虑，某些网站可能会限制使用某些支付方式，特别是在新用户注册时。
如果你确实遇到注册或支付问题，建议通过以下方式解决：
1、检查官方网站或相关应用是否有关于注册或支付方式的公告或说明。
2、联系铁路客服或支付宝客服寻求帮助，他们可以提供更具体的解决方案和建议。
理论上你可以在注册12306的同时使用其他支付方式（如支付宝）进行支付，但具体取决于当时的服务状况和规定，如有疑惑，建议直接联系相关客服部门。